通过近十五年的发展，我国现代生物质能（有别于传统的薪柴低效燃烧）发展取得了长足进步。截止2020年底，我国生物质发电（含农林生物质发电、生活垃圾焚烧发电和沼气发电）装机容量已达2952万千瓦，年发电量1326亿千瓦时；生物质清洁供热约21亿吉焦。其中，居民采暖1亿吉焦（折合采暖面积近2亿平方米），工业供热约20亿吉焦。年产生物天然气1.4亿方、沼肥106万吨；年产生物柴油120万吨、生物燃料乙醇284万吨。由于生物质能产业链较长，又横跨农业、环境、能源、市政等多个领域，产业发展过程中也暴露出诸多问题。
一、认识不到位
受传统生物质能（土灶台燃烧薪柴）“脏乱差”影响，整个社会，特别是各级政府对发展生物质能重要性认识不足，甚至个别地方认为生物质燃料是仅次于散煤的高污染燃料，采取限制政策。如：一线城市均把生物质成型燃料认定为高污染燃料，在所属行政区域内禁止使用。生物质清洁供热至今不能享受“煤改电”、“煤改气”支持政策。之前广东、河北一些地市对合法合规生物质清洁供热项目搞“一刀切”关停。
二、缺乏顶层设计
相比较风光等可再生能源，生物质能管理职能过于分散，农业、林草、发改、能源、住建、环境、财政等部委均有相关职能，是典型的“九龙治水”。这就带来政出多门，部委间相互掣肘现象时有发生，政策执行效率低下，不能形成有效合力，在一定程度上影响了产业的发展。如何在更高层级对生物质能发展进行顶层设计和统筹协调，已成为“十四五”生物质能产业能否实现跨越式发展的关键所在。例如：广东、山东、安徽、河南、江苏、河北等省份环保部门对生物质热电联产项目和生物质清洁供热项目执行不合理的燃煤超低排放标准，使项目盈利水平大幅下滑，极大影响了能源主管部门对生物质能源的推广利用。
三、产业发展失衡
欧美国家对生物质能利用方式主要以非电利用（清洁供热、生物天然气、生物液体燃料等）为主，发电利用为辅。而我国对生物质能利用方式恰好相反，主要以发电为主，非电为辅。由于生物质能量密度低，分布较为分散，不易收集，带来的问题是燃料收运成本居高不下，能源利用效率偏低，后端电能附加值提升空间严重受限。要想维持发电项目持续运行，需要国家每年给予一定电价补贴支持，且短期内电价补贴无法大幅退坡。而生物质能非电利用，国家没有建立普惠式补贴机制。加上可再生能源电价补贴缺口（2020底补贴缺口已达3000亿元）越来越大，补贴拖欠已成为常态。这不仅制约了生物质发电行业发展，而且使生物质能非电利用产业没有形成应有的规模。以德国为例：德国人口8300万，面积35.7万平方公里，年产沼气220亿方（折合生物天然气120亿方，相当于中缅天然气管道的年设计输送能力），年产高品质沼渣沼液有机肥1200万吨。经过近20年的发展，德国已经形成了在全球具有强大竞争力的生物天然气完整产业链。而我国年产生物天然气则不足2亿方，差距悬殊。以丹麦为例：丹麦是全球生物质清洁供热发展最好的国家之一，在丹麦供热市场能源消费总量中，生物质能约占43%。在可再生能源供热消费总量中，生物质能约占到65%。而在我国供热能源消费总量中，生物质能占比还不到1%。
四、生物质能的社会价值
没有得到充分体现我国发展生物质能主要是为了解决各类城乡有机废物的无害化、减量化和能源化利用问题。同时，也是为了给农林剩余物资源化利用找条出路，通过变废为宝，适当增加农村居民收入。除了生物质发电，国家在电价中给予了一定补贴支持（对于生活垃圾，根据垃圾处理量，地方政府支付一定的垃圾处理费），在生物质能非电利用领域，无论在前端（废弃物处理端），还是在后端（资源化利用端），没有建立生物质能社会价值（环境、民生、扶贫和公共服务）普遍补偿机制。这也是导致生物质能非电利用没有形成规模，发展速度严重滞后的另一个重要因素。
五、地方政府发展生物质能动力受限
在生物质能发展过程中，目前中央财政仅支持发电利用。由于国家可再生能源发展基金缺口太大，对生物质发电支持力度也越来越弱。根据2020年上半年出台的《关于构建现代环境治理体系的指导意见》和《生态环境领域中央与地方财政事权和支出责任划分改革方案》精神，农业农村污染防治、固体废物污染防治主要由地方财政承担支出责任。但由于大部分地方财政捉襟见肘，发展生物质能积极性不是很高，目前只有个别省市出台了秸秆离田、建设生物质成型燃料加工点、购置生物质户用炉具奖补政策。
六、产业创新能力严重不足
受制于产业规模、市场竞争力和商业模式等诸多因素限制，除了生活垃圾焚烧发电外，我国生物质能发展还没有形成完整产业体系。投资该领域的企业，大多以民企为主。企业规模普遍偏小，项目盈利能力弱，技术更新迭代缓慢，行业创新能力严重不足，某些核心技术和装备还需依赖国外。如：高水分、高腐蚀燃料的高效燃烧技术，干式厌氧发酵技术，秸秆小颗粒粉碎技术，厌氧发酵搅拌技术，固液混合泵送系统，干黄秸秆厌氧预处理技术、混合气体成分在线监测分析技术等。
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